Οι διαδικασίες καταβολής της επιχορήγησης ως ενδιάμεση ή/και ως τελική δόση (αποπληρωμή) περιγράφεται αναλυτικά στον Οδηγό της Αναλυτικής Πρόσκλησης της Δράσης-Προγράμματος ως ισχύει (5η τροποποίηση, Κεφ.Ι11.1.3 σελ. 26-29). Απαραίτητη προϋπόθεση είναι υποβολή αιτήματος μέσω του ΠΣΚΕ, www.ependyseis.gr και η υποβολή/αποστολή των απαιτούμενων δικαιολογητικών και παραδοτέων στον αρμόδιο εταίρο του ΕΦΕΠΑΕ προκειμένου να διεξαχθεί η διοικητική ή/και επιτόπια επαλήθευση και πιστοποίηση των δαπανών. (ΔΕΣΜ-ΟΣ ΑΜΘ, αρμόδιος εταίρος του ΕΦΕΠΑΕ, για την Περιφέρεια Ανατολικής Μακεδονίας και Θράκης, Απ. Σούζου 14, 69133 Κομοτηνή, ΤΘ 145).